圣庭生物-ShengTingGroup

概述

目标区域测序 (Targeted Resequencing)针对靶基因序列进行基因组目标区域的探针设计,目的区域进行基因组DNA杂交富集后、进行高通量测序和生物信息分析。其优势是集中区域,小数据量,较低成本,大深度和高覆盖度,在临床诊断和药物开发方面有着巨大应用潜力。

应用方向

技术流程

技术优势

高密度信息:针对目的基因组区域进行遗传变异位点检测

高准确性: 对特定区域深入研究,得到更深的覆盖度和更高的数据准确性,提高了对稀有变异的检测能力

高性价比:更经济有效,更高通量,适合大样本量研究

更快捷: 缩短研究周期,加快文章发表与加速临床应用

样本要求

样本类型:无降解,无RNA污染的DNA样品,5-10mL外周血,500mg-1g组织样本

样本总量:≥ 2 μg DNA

样本浓度:≥ 30 ng/µl

样本纯度:OD260/280=1.8~2.0

测序平台及策略

HiSeq PE150

捕获平台

Agilent SureselectXT Custom Kit

测序深度

200X(平均测序深度)

样本寄送

EDTA抗凝管冷藏或干冰寄送

案例1:

靶向DNA测序检测家族性非髓性甲状腺癌(FNMTC)易感基因相关突变

Targeted DNA Sequencing Detects Mutations Related to Susceptibility among Familial Non-medullary Thyroid Cancer


研究材料

选取47个FNMTC患者进行FNMTC相关的31个癌症易感基因检测的外显子进行测序。

研究策略

 目标区域测序深度为500X。

研究结果

通过二代测序方法共鉴定出了45个突变信息,值得注意的是,发现在来自相同家族的成对FNMTC患者(包括APC L292F和A2778S,BRAF D22N,MSH6 G355S和A36V,MSH2 L719F,MEN1G508D,BRCA1SS955S,BRCA2 G2508S和GNAS inframe插入)之间匹配的几个种系突变。我们展示了一种新的方法来帮助诊断和阐明FNMTC患者的遗传原因,并评估他们的家庭成员是否暴露于更高的遗传风险。这些发现还将提供关于监测甲状腺癌患者的潜在第二种癌症的见解。

参考文献

Yu, Y., Dong, L., Li, D., Chuai, S., Wu, Z., Zheng, X., ... & Gao, M. (2014). Targeted DNA Sequencing Detects Mutations Related to Susceptibility among Familial Non-medullary Thyroid Cancer. Scientific reports, 5, 16129-16129.

常见问题


Q 目标区域测序的结果更加准确可靠吗?

是的,目标区域测序的优势就在于针对性强和测序深度高,可以检测到低频或罕见突变,测序结果可以作为已获得结果的补充,而且检测到的变异信息非常准确。故不仅常被作为候选基因变异的验证方法,同时能高效助力于对于大样本人群的疾病已知基因的深度挖掘,以得到基于低频或罕见突变的新发现。

Q 目标区域捕获测序的应用领域是什么,有什么特点?

外显子捕获是一个杂交捕获的过程,探针与不同外显子区段的杂交效率并不相同,其同源竞争的情况也不同,所以不同外显子区段的覆盖深度差异较大,因此通常外显子测序不能用于CNV的检测。但在癌症研究中,利用癌组织和癌旁组织对照,可以检测somatic CNV。

Q 外显子组捕获测序中的捕获特异性(capture specificity)及覆盖度(coverage ratio)分别指什么?

1) 应用领域:大量疾病样本分析;已有研究基础的单基因病或复杂疾病致病基因研究;全基因组测序、GWAS分析或连锁分析结果的验证。

2) 特点:具有成本低、测序深度高的特点,既可用于个人健康状况评估,也适用于大样本量的疾病样本分析,在个性化诊断、药物靶点筛选等领域具有广阔的应用前景

Q 目标区域捕获测序评估客户需要提供什么信息?

客户只需提供目标区域所在的染色体号、起点位置、终点位置或者基因列表即可。